Pokud jde o import dat, lze samozřejmě jednotlivé záznamy vkládat ručně, což není příliš zábavné ani praktické. Existují ale formáty, které jsou určené speciálně pro přenos bibliografických záznamů, což jsou nejčastěji BibTeX a RIS (klasické metadatové formáty), RefMan či RefWorks. Všechny strukturovaně ukládají bibliografické záznamy, které pak lze snadno importovat do příslušného citačního manažeru. Nevýhodou je, že nejsou úplně vzájemně kompatibilní, byť některé převody jsou možné – existuje například BibTeX to RIS převodník.

Tyto bibliografické záznamy nabízí ke stažení Google Scholar, ale i většina časopisů nebo databází. Import do citačního manažeru je pak otázkou několika málo vteřin. Byť třeba právě u Scholar je třeba dávat pozor na korektnost záznamů, která není ideální a tento vyhledávač někdy zaměňuje například název vydavatelství a díla nebo je různě komolí. Stáhnout citační záznam je tak výhodné, ale je třeba zde být na pozoru. Některé webové stránky obsahují informace, které lze pro automatické generování citací využít. Proto se vyplatí si do Chrome nebo jiného prohlížeče doinstalovat příslušné rozšiřující moduly (Zotero, Mendeley Web Importer či EndNote Click). Rozšíření webových prohlížečů toho ale umí mnohem více a při rozkliknutí některého z odkazovaných rozšíření se doporučujeme podívat do souvisejících nástrojů, které umožňují podporovat vybrané specifické formy práce se zdroji v online prostředí.

Obecně platí, že téměř každý citační manažer těmto funkcím přidává něco navíc – od statistických funkcí, až po kvalitní propojení záznamu a zdrojového dokumentu. Na volbě konkrétního nástroje tak poměrně výrazně záleží. Asi nejjednodušší a vlastně každému dostupný citační manažer nabízí přímo Word v kartě Reference. Verze 365 z roku 2022 umí pracovat s průběžným citováním a měnit jeho formu. Na výběr jsou základní styly, které by měli pokrýt nejčastější potřeby APA, MLA, ČSN ISO, IEEE a několik dalších. Uživatel každou položku, se kterou pracuje vloží správce pramenů a konkrétní místo, na kterém se na zdroj odkazuje už zpracovává funkcí Vložit citaci. Na konci většinou vloží Bibliografii a celý proces je u konce.

Word má výhodu, že není třeba nic instalovat nebo nastavovat, ale současně jeho funkce jsou určené primárně pro práci na jednom konkrétním dokumentu, nikoli na budování skutečně robustních struktur pramenů a zdrojů. Pokud víte, že kromě seminárek a diplomové práce nic dalšího nebudete chtít psát, může vám stačit, jinak se vyplatí podívat se po specializovaných citačních manažerech.

Pro většinu uživatelů bude pravděpodobně nejdostupnější Zotero, což je open source nástroj, který lze bezplatně využívat bez ohledu na to, zda člověk studuje či nikoliv. Jediným limitem v bezplatnosti je omezená kapacita webového uložiště, ale to je funkce, kterou není třeba využívat, pokud člověk často nepřechází mezi různými počítači, které neumí soubory synchronizovat jinak.

Zotero umí importovat celé bibliografie z konkurenčních nástrojů jako je EndNote, RefWorks, Mendeley; umí nahrát jednotlivé záznamy přes BibTeX a pokud to nestačí je k dispozici skvělý nástroj Anystyle.io. Ten umí vzít citační záznam vytvořený ručně nebo odněkud zkopírovaný a převést ho do struktury, kterou pak lze importovat skrze BibTeX, XML či CSL-JSON do citačního manažeru. Aplikace je bezplatná a online, dokáže zpracovat naráz sto citačních záznamů. Ne vždy je samozřejmě převod dokonalý – pokud přecházíme mezi APA, která uvádí jen iniciálu křestního jména autora a u knih jí chybí ISBN do ČSN-ISO 690, která vyžaduje obě informace, bude záznam neúplný. Přesto při převodu velkého množství citací může ušetřit mnoho práce.

Jednotlivé dokumenty jsou členěné do složek, podle toho, jak se to právě danému uživateli hodí – asi nejpraktičtější je struktura dle oborů či témat a podle článků. Obecně platí, že každý článek (seminární práce, kniha) by měl mít vlastní složku, aby z něj bylo možné generovat snadno seznam veškeré použité literatury. Zotero dokáže generovat jak odkazy do textu (buď přímo v aplikaci nebo skrze rozšíření do Wordu), tak celé bibliografické záznamy. K dispozic jsou tisíce (aktuálně více než 10 tisíc) citační stylů, které je možné v případě potřeby měnit nebo si vytvářet nové. Přesto i v Česku najdeme časopisy, které užívají vlastní normy, které doposud nebyly vytvořené.

Od roku 2022 má Zotero integrovaný nástroj na anotování PDF souborů, což je velice praktické – v tomto formátu je velká část zdrojů a možnost označovat si důležité pasáže, zvýrazňovat text, psát si poznámky a všechna tato data udržovat v organizované struktuře citačního manažeru se velice hodí. Aplikace umožňuje nad sbírkami citačních záznamů spolupracovat, a to včetně anotací, poznámek nebo zdrojových souborů. Pokud člověk pracuje v týmu, jde o neocenitelný nástroj, který umožňuje provozovat vědu skutečně týmově.

Alternativami k Zotero mohou být například:

• CitacePro je česká aplikace, kterou mají studenti většiny českých univerzit a části knihoven zdarma. Výhodou je, že od počátku myslí na české uživatele a tomu je uzpůsoben celý ekosystém nástroje.
• Mendeley Reference Manager – v kombinuje citační manažer a sociální síť, nabízí velice pěkný grafický design a podobně robustní funkce jako Zotero. Je založený na myšlence, že organizace znalostí a dokumentů představuje základní konceptuální rámec práce v projektech nebo v týmech. A právě tento druh interakcí se snaží podpořit.
• Polar – představuje velice neobvyklý pohled na to, jak lze integrovat citační manažer a anotační nástroj. Díky tomu se lze snadno dostávat na přesná místa, která citujeme, připomínat si jejich kontext a význam. Unikátní jsou funkce na podporu učení. Existuje také bezplatná verze.
• EndNote – placená aplikace je určitým referenčním rámcem toho, jak může vypadat citační manažer. Spíše konzervativněji koncipovaný nástroj silně staví na práci s metadatovými formáty.