Za autora moderních myšlenkových map je považován Tony Buzan. Přesto je ale třeba říci, že myšlenka strukturovaného přemýšlení je mnohem starší a sahá až do středověku. V této části modulu si krátce nastíníme historii myšlenkových map.

Jako první používal myšlenkové mapy Porfyrios z Tyru (232–304). Byl to novoplatonský filosof, vášnivý odpůrce křesťanství a zastánce vegeteriánství, který se zamýšlel nad tím, jak svým posluchačům učinit přehlednější dílo Aristotela. Především mu šlo o jeho systém kategorií. Každá věc má podle tohoto filosofa substanci a akcidenty (případky), tedy vlastnosti, které je možné o tělese vypovídat (kvalita, kvantita, čas, místo, vztah,…). A právě ke znázornění těchto schémat pro různé objekty Porfyrios používal grafických schémat, která se podobala myšlenkovým mapám.

Ve středověku na něj navázal španělský filosof Ramon Llull (1232–1315). Ten viděl v podobných diagramech zdroj poznání. Ostatně jeho nejznámější mapy nesou názvy Strom poznání a Strom filosofie lásky. Jednalo se o výtvarně poměrně zdařilé objekty, které měly čtenáři nastínit složité myšlenky, které by z textů bylo obtížné vyčíst.

Za zakladatele myšlenkových map v pravém slova smyslu je považován až Leonardo da Vinci (1452–1519), který patřil mezi nejvýznamnější vědce své doby. Jeho poznámky nesou  -  ať již v jakékoli podobě  -  známky kreativity, nápadů a snahy, aby byly druhými lidmi co nejhůře čitelné. Jedním ze způsobů, jak si tyto poznámky tvořil, bylo spojení obrazů, slov, textů a vzorců do jednoho díla, které zachycovalo v plnosti jeho pohled na nějaký problém.

Koncept grafického znázornění nějakých informací se v historických materiálech objevuje poměrně často, ale poměrně dlouho mu chyběla nějaká jasná pravidla a častěji než o předchůdce myšlenkových map šlo spíše o grafy či stromy.

Změna přišla až v letech 1950, kdy Alan Collins a v roce 1960 Ross Quillian rozvíjejí koncepci sémantických sítí jako způsobu, jakým lze pochopit a popsat lidské učení a tvořivost. Došli k předpokladu, že se také jedná o cestu, která by nám mohla pomoci lépe pochopit, jakým způsobem funguje mozek. Na tomto místě již začíná moderní historie mapování mysli.

O deset let nato přichází Tony Buzan, který přejímá myšlenky svých předchůdců a stanovuje základní pravidla, jak by se tyto sítě měly tvořit. A této metodě dává název Myšlenkové mapy. Ve stejném čase pak přichází také Joseph D. Novak, který nabízí model konceptuálních map.

Z pohledu historie je zajímavé, že všem autorům (až na da Vinciho) šlo o využití ve školství či vzdělávání. Grafické znázornění myšlenek mělo vést k jejich lepšímu pochopení posluchači, ke vzbuzení diskuse a k rozvoji schopnosti učit se. A toto dědictví si nesou mapy mysli v nejrůznějších variantách dodnes.